La villa fu costruita come "casa fuori porta" nella prima metà del seicento dalla famiglia Balduini, una delle famiglie della nobiltà locale. Da documenti d'archivio risulta che nella proprietà, nota come "Villa dei Colli", erano allora presenti una palazzina a due piani con un aia sul retro e una casa colonica. Alla fine del secolo, quando i Balduini si trasferirono a Napoli, la villa passò ai Bagnozzi. Nel 1705 è citata nell'elenco delle proprietà della famiglia Bertacchi. Furono questi ultimi a dare alla villa la sua struttura odierna, sia per quel che riguarda l'edificio, sia per la sistemazione del parco, con le siepi di bosso lungo il viale d'accesso a valle e con il nuovo assetto dello spazio sul retro. Nel 1900 la villa fu acquistata dalla famiglia Biondi, gli attuali proprietari. È a Cesare e a Pompeo Biondi, medico il primo, giurista il secondo, che si deve la raccolta dei volumi presenti nella biblioteca della villa.