L'insediamento ligure interessava tutti e tre i colli in cui si articola il rilievo di Pietra Pertusa, probabilmente con piccoli nuclei sparsi di abitazioni analoghi a quelli di Monte Pisone. Il tipo di localizzazione inserisce Pietra Pertusa in una serie di piccoli abitati liguri disposti lungo percorsi di crinale, secondo un modello insediativo che caratterizza in particolare il comprensorio della Valdinievole .
Il vasellame a vernice nera, di produzione laziale e campana, e la grande quantità di anfore vinarie recuperate, provenienti dall'Italia meridionale, documentano l'intensità degli scambi commerciali con gli Etruschi nei decenni centrali del III secolo a.C. In cambio delle merci che giungevano a Pisa e negli approdi costieri per via marittima, i Liguri potevano offrire i prodotti della loro economia silvo-pastorale. La fine dell'abitato, nella seconda metà del III secolo a.C., documenta ulteriormente, insieme all'abbandono di Bora dei Frati in Versilia, alla fine cruenta del villaggio etrusco di Ponte Gini di Orentano ai margini della piana dell'Auser al generale mutamento del sistema insediativo ligure (Monte Capriola), la rottura del delicato equilibrio di convivenza tra Etruschi e Liguri, dovuta in gran parte alle mire espansionistiche romane.