Età etrusca - La presenza degli Etruschi all'interno del sito risale al già VI secolo a.C., in quel periodo risale un frammento di coppa di bucchero, ceramica fine dal colore nero ottenuta con la cottura, tipica del mondo etrusco. Nel V secolo a.C., la tradizione del bucchero, tipica ceramica, è sostituita in tutto il territorio pisano da nuove produzioni di vasellame da mensa. Diffuse in questo periodo sono le ciotole profonde, a profilo leggermente rientrante, realizzate con una tecnica che da all’impasto un colore grigio-blu.
Età romana - La fattoria vive il suo periodo di massimo sviluppo durante l'età romana, tra il II - I a.C. e il IV - V d.C., quando la pianura apuo-versiliese viene sottoposta al progetto di sfruttamento razionale delle campagne del territorio tra Pisa e Luni (centuriazione) dopo la conquista romana del II sec. a.C.. A quell'epoca risalgono i locali relativi al ciclo produttivo dell'olio: un'ampia vasca dove le olive vengono poste prima della frangitura, una più piccola per il lavaggio, con un condotto di scarico delle acque sporche e di residui all’esterno e un ambiente attrezzato per ospitare il torchio di spremitura delle olive (torcularium) su una pavimentazione in opus spicatum (mattoncini disposti “a lisca di pesce”), sostituita in età imperiale con una a “coccio pesto”, con al centro l’aera di premitura.
Età tardo-antica - Dal III - IV sec. d.C. aumentano le ceramiche provenienti dall'Africa: questo dato accomuna tutti gli insediamenti della regione, sia nell'area costiera che in quella interna. Questo periodo rappresenta l'apice con ingenti scambi commerciali con l'estero. Grazie a questo fiorente scambio di prodotti, all'Acquarella arrivano tipi diversi di scodelle da tavola prodotte in Tunisia.
VI sec. d.C. - Nel corso del VI sec. d.C. la fattoria dell'Acquarella viene abbandonata: in seguito, l'accumulo di rifiuti nelle vasche per la decantazione indica l'inizio di un nuovo insediamento, formato da un gruppo di capanne con piani d'uso in terra battuta che coprono gli antichi pavimenti.