L'istituzione ospedaliera di cui la chiesa era parte si fa risalire a poco dopo il Mille: già verso la fine dell'XI secolo essa riceveva infatti privilegi e conferme dal vescovo di Lucca. Nel corso del secolo seguente rafforzò le sue basi economiche con lasciti e acquisti, fino ad avere possessi sparsi in tutta la diocesi: la prima trascrizione della regola dell'Ordine risale al 1239 benché la sua stesura sia di certo precedente. Allo stesso anno risale l'autorizzazione papale ai religiosi di Altopascio ad abbracciare la regola dei Frati di S. Giovanni di Gerusalemme, documentando così una svolta nella storia dell'Ordine, che restringeva i suoi compiti all'attività più propriamente terapeutica, abbandonando quella dell'assistenza di tipo logistico-militare ai pellegrini in virtù della quale esso era intervenuto attivamente nella manutenzione e nella sorveglianza di ponti e strade. La concessione papale prelude anche allo svincolamento dall'autorità vescovile dell'Ospedale di Altopascio, che risulta infatti da allora direttamente soggetto alla Santa Sede. La chiesa come tale rimase dipendente dalla Pieve di S. Piero in Campo. Concesso in commenda nel 1472 ai Capponi di Firenze, fu poi soppresso da Cosimo I che destinò i suoi beni al neo-costituito ordine dei Cavalieri di S. Stefano di Pisa: dal 1338 infatti Altopascio e con esso gran parte della Val di Nievole era passato nell'orbita fiorentina. Dal 1519 il territorio di Pescia viene elevato a diocesi separandolo da Lucca: alla nuova Curia affluisce anche Altopascio con gran parte della Val di Nievole. Dopo una assai contestata ristrutturazione del complesso medievale, avvenuta tra il 1827 e il 1830, rimangono oggi il chiostro e alcuni ambienti del pellegrinaio, recentemente restaurati, parte delle mura del castellare, la facciata della chiesa (che è divenuta il transetto del nuovo edificio) e la torre campanaria. Quest'ultima, riconducibile nell´impianto al 1280 circa, costituiva con i rintocchi della sua campana un riferimento per chi transitava nel padule di Bientina. Il prospetto, risalente all'ultimo quarto del XII secolo, è articolato in loggette, secondo una soluzione che risulta ampiamente attestata in zona (Pieve S. Paolo, S. Michelino di Pescia), ma che, nella ricca strutturazione delle sue componenti, tiene conto sia dell'autorevole modello del Duomo pisano sia delle coeve realizzazioni dell'architettura sacra pistoiese. Sul prospetto campeggiava la statua del Redentore benedicente, opera di maestranza affine a Biduino, che in questi anni diffondeva nelle chiese toscane narrazioni di storia sacra scolpite in linguaggio antichizzante. Essa, insieme ad altri rilievi oggi conservati nel Museo di Villa Guinigi, testimonia la ricchezza dell'apparato decorativo dell'originario edificio.