All'inizio dell'Ottocento sia l'istituzione che la chiesa mutarono la titolazione in Sant'Antonio abate, poi cambiata alla fine dello stesso secolo in confraternita della Misericordia. Nel 1798 è passata alla diocesi di Pisa cui tuttora pertiene.
L'aspetto della facciata è molto modesto, ma la chiesa conserva al suo interno diverse opere di notevole valore, tra cui spiccano soprattutto due statue in legno, considerate tra le opere più notevoli realizzate nella zona di Lucca tra la fine del Trecento e l'inizio del Quattrocento, raffiguranti Sant'Antonio abate e San Biagio, che un recente restauro ha consentito di attribuire con certezza rispettivamente a Antonio Pardini e Jacopo della Quercia.
Per quanto concerne l'arredo pittorico, si segnala invece la presenza di una tela che data alla metà del Cinquecento raffigurante l'Incoronazione della Vergine, interessante non tanto per la sua qualità in effetti non eccelsa, quanto perché unica testimonianza pervenutaci dell´opera di Lorenzo Cellini un pittore pietrasantino che ripropone moduli mutuati da Fra Bartolomeo.
Notevoli anche, infine, la cantoria settecentesca, i dipinti della cappella dell'Addolorata di Luigi Ademollo e soprattutto due grandi pannelli con la Porta del Paradiso e la Porta dell'Inferno donati alla chiesa da Fernando Botero nel 1993.