Fin dal Medioevo, il territorio controllato dalla fortezza delle Verrucole è stato conteso fra il governo lucchese e famiglie nobiliari locali come i Gherardinghi, causando aspri conflitti territoriali, estesi ai comuni limitrofi di Pisa e di Firenze. È proprio con Pisa che si allearono i Gherardinghi, signori di Verrucole, oltre che di Vibbiana, Mestiane, San Romano, Naggio, Boglio e Petrognano, per contrastare le mire espansionistiche di Lucca in Garfagnana.
Sconfitti dai lucchesi nel 1170, i Gherardinghi persero gradualmente il loro potere, vendendo porzioni delle loro terre. La fortezza di Verrucole passò prima ai Guidiccioni, alla fine del Duecento, poi a Spinetta Malaspina, alla metà del XIV secolo e infine agli Estensi nel 1446. Con gli Estensi iniziarono i lavori di ampliamento e modifica dell'originaria roccha tonda, presente sul colle probabilmente dall'XI secolo. Questa fu innalzata attraverso il tamponamento dell'originaria merlatura di tipo ghibellino, a coda di rondine e tutto il colle venne dotato di una possente cinta di mura, di magazzini per le armi e di una casamatta sotterranea.
Nel corso del secolo XVIII, con l'invasione dei Francesi, la Garfagnana fu restituita alla giurisdizione di Lucca e successivamente il presidio delle Verrucole fu smantellato, adeguandosi all'inesorabile sorte di decadenza delle fortezze medievali dell'area.