Quando la guerra terminò definitivamente nel 1616, il governo decise di circondare il villaggio con mura per aumentare la stabilità delle sue frontiere problematiche e la sicurezza degli abitanti di Lupinaia che avevano pagato un alto prezzo in termini di sangue durante la guerra. Il lavoro costò 2000 scudi e alla sua realizzazione fu posto sotto il comando del Capitano Pieruccio con una piccola guarnigione armata. Solo pochi anni dopo, nel 1635, lo stesso capitano Pieruccio si lamentò delle pessime condizioni dell'edificio e richiese urgenti riparazioni alle guardie e alle mura; questi sono stati prontamente effettuati. Da allora, con il progressivo allentamento delle tensioni tra Estense e la Repubblica di Lucca, iniziò un periodo di declino per il forte di Lupinaia, come per molti altri, che portò alla smobilitazione delle guarnigioni e alla vendita dei loro edifici a privati persone: una parte delle mura era usata per le case, un'altra veniva abbattuta per far posto a nuove strade o giardini; alcuni rimangono, insieme al cancello e molti altri pezzi di muratura, prove significative del passato del villaggio.