Le chiese della piana lucchese situate a capo di circoscrizioni ecclesiastiche ampie vennero generalmente riedificate sulla struttura di edifici precedenti. Anche San Gennaro fu ricostruita nel corso del XII secolo sulla precedente struttura e la sua posizione geograficamente strategica, al confine tra la piana di Lucca e la Valdinievole, favorì la formazione, nel corso del Medioevo, di un borgo intorno all'edificio. La chiesa conserva oggi la struttura medievale a tre navate e le decorazioni originarie, eccezion fatta per la parte absidale, che mostra consistenti interventi settecenteschi. Da segnalare sono i capitelli decorati che ornano il colonnato interno, il pulpito marmoreo del 1162, nonché la ricca decorazione presente in facciata. Nell'ambito dell'intervento settecentesco, che vide la ricostruzione della zona absidale, furono realizzate, sulle fiancate della chiesa, due nuove porte in sostituzione di quelle medievali.
Il campanile che sorge isolato a nord dell'edificio venne invece costruito solo nel 1840, come attesta l'iscrizione murata.
La prima menzione della chiesa di San Gennaro risale all'873.