La presenza dei frati minori è documentata a Lucca, in un'area esterna alla cerchia muraria, già nell'anno 1228. All'inizio essi occuparono la chiesa di Santa Maria Maddalena, ma presto iniziarono i lavori di ristrutturazione e di costruzione di un nuovo impianto.
Intorno alla grande chiesa e al complesso monastico si sviluppò un vero polo conventuale al quale si aggiunsero l'oratorio di San Franceschetto (1309), tre chiostri ed altre costruzioni. La facciata della chiesa presenta grandi conci di calcare bianco e grigio disposti in filari orizzontali e paralleli. L'apparato decorativo è assai ridotto - fatto caratteristico delle chiese conventuali - e si limita ad una serie di cotti decorati presenti nell'
abside, occupati un tempo da bacini ceramici. Nel corso del Tre e del Quattrocento furono realizzate nuove cappelle presbiteriali, volute, secondo la tradizione, dal signore di Lucca Paolo Guinigi. In seguito alla soppressione napoleonica la chiesa fu restituita ai francescani; nel 1844 l'edificio fu restaurato, ma nel 1868 venne nuovamente indemaniato ed adibito a magazzino militare. Nel 1901 il Comune di Lucca riscattò la chiesa e nel 1910 la riaprì al culto. Il rivestimento calcareo della facciata fu completato, nella parte superiore, solo nel 1930. All'interno della chiesa, si notino gli affreschi quattrocenteschi di scuola fiorentina, le arche sepolcrali dei Ricciardi e il monumento Guidiccioni di V. Civitali.