La chiesa è ricordata come pieve battesimale nel 1086, ma nel secolo successivo già risulta aver perso tale diritto rientrando sotto la giurisdizione della pieve di Villa Basilica. È prima di quest’epoca che essa dovette essere costruita nelle forme ancora intuibili oggi nonostante i consistenti interventi successivi, soprattutto cinquecenteschi: in particolare sono riconducibili ad una costruzione medievale entro l’XI secolo il generale impianto della chiesa, con una pianta a tre navate spartite da pilastri piuttosto raccorciata, e il sistema decorativo ancora visibile in facciata in corrispondenza della navata sinistra, costituito da archeggiature cieche molto poco rilevate impostate su di un alto stilobate. Confronti in questo senso si possono instituire anche con le vicine Vico Pancellorum e Corsena in Val di Lima.
Si riteneva che dovesse essere collocato cronologicamente in epoca simile – considerata la perdita del diritto battesimale registrata dai documenti nelle epoche successive – anche il fonte battesimale poligonale conservato in chiesa in una cappella che si apre nel fianco sinistro: il manufatto è esagonale e ospita sulla cornice superiore alla congiunzione delle specchiature marmoree elementi scolpiti astratti (cinque pomi cupoliformi) e un bovino a tutto tondo. In realtà studi recenti hanno ipotizzato che la chiesa di Boveglio agisse come sorta di succursale battesimale della pieve di Villa Basilica, anche in epoca successiva alla perdita del diritto di battesimo, in ragione dell’isolamento dell’area: se così fosse, il fonte battesimale sarebbe più opportunamente databile alla prima metà del Duecento, in rapporto con fonti di tipologia simile (Brancoli, Barga) prodotti dalle botteghe lombarde di scultori che agirono in quest’area nell’epoca in questione.
Nel presbiterio è collocato un tabernacolo per gli oli santi di ambito civitalesco.
Particolarmente significative - nonostante la caratteristica artigianale ma in virtù dell’estrema rarità di manufatti di questo tipo e di quest’epoca conservati – sono due panconi in legno intagliato del 1660.